张俊教授点评：CGP检测为预测肠癌患者接受免疫或靶向治疗疗效提供重要基因信息
整理：肿瘤资讯 来源：肿瘤资讯
随着基因检测技术的进步和更多治疗靶点的发现，多基因检测已成为重要的临床检测手段。多家大型医学中心已开展常规的多基因检测，在消化道肿瘤研究领域完成了多项相关研究，以评估患者的预后，探寻潜在的治疗靶点，预测治疗疗效。其中应用较为成熟的是Foundation Medicine研发的全面基因组测序(CGP)平台。FoundationOne?用于检测转移性结肠癌(mCRC)，可以评估MSI-H型患者的肿瘤突变负荷(TMB)，同时检测激酶区融合状态，进而为预测mCRC患者接受免疫或靶向治疗提供重要的基因参考信息。
535P肿瘤突变负荷（TMB）低提示MSI-H转移性结肠癌（mCRC）患者可能对PD-1单抗治疗无应答
背景
MSI-H型mCRC患者常存在细胞毒性淋巴细胞浸润，有利于免疫检查点抑制剂发挥作用。前瞻性研究证实，在化疗耐药的MSI-H型mCRC患者中，给予PD-1单抗治疗可获较高的疾病控制率和较长的无进展生存期(PFS)。然而，这类患者接受帕博利珠单抗或纳武利尤单抗治疗的反应率(RR)差别很大(28%-52%)，异质性明显。该单中心研究旨在评估真实世界中MSI-H型mCRC患者接受PD-1/L1单抗治疗的疗效。
方法
入组2016年1月起在美国City of Hope癌症治疗中心接受PD-1/L1单抗治疗的MSI-H型肿瘤患者(采用CLIA认证的PCR、IHC或NGS方法检测)。采用RECIST 1.1标准评估ORR并计算PFS。研究者收集所有患者的BRAF突变状态、原发肿瘤位置和转移部位数据。研究者对接受Foundation One?检测的患者，在数据可及的前提下收集TMB信息。
结果
1. 临床特征
共入组17例，中位年龄为53.7岁(范围：33.1-78.4岁)，其中男性和女性分别为10例和7例。原发病灶在右半结肠、左半结肠和横结肠者分别为11例、4例和2例。9例(53%)合并肝转移。BRAF突变者6例，占30%；RAS突变者5例，占29%。既往接受过一线、二线和>=3线化疗者分别占17%、29%和53%。16例接受帕博利珠单抗治疗，1例接受Durvalumab治疗，临床特征总结见表1。
表1. 患者的临床特征
2. 总体人群疗效
7例(41%)患者取得客观缓解，2例(12%)取得SD。mPFS为8.76个月，6个月和12个月的PFS率分别为65%和29%，仅9例MSI-H型患者有详细的TMB数据(范围8-73mut/Mb)：其中1例CR(TMB 73mut/Mb), 1例PR(TMB 71mut/Mb), 1例SD(TMB 31mut/Mb), 6例PD(TMB分别为6, 13, 16, 18, 25和36mut/Mb)。
表2. 患者的治疗反应和百分比
3. 根据TMB分析疗效
根据FoudationOne? MSI-H数据库的TMB cut-off值，研究者将患者分为TMB低于10百分位(<23.5mut/Mb，4例)和低于25百分位(<33.06 mut/Mb，6例)。这两类患者接受免疫治疗的ORR分别为0和17%；TMB高于25百分位者(>=33.06mut/Mb)3例，接受免疫治疗的ORR为67%。
研究者进一步根据TMB的具体数值分布进行计算，TMB低(1-5mut/Mb)者0例；TMB中等(6-19mut/Mb)者4例，接受免疫治疗的ORR为0%；TMB高(>=20mut/Mb)者5例，接受免疫治疗的ORR为40%。单因素分析显示，仅肝转移(P=0.01)和低TMB(P=0.02)与更差的PFS相关。
图1 MSI-H型mCRC患者PFS结果
小结
多数MSI-H型肿瘤患者在接受免疫治疗后会发生进展，这可能与患者更低的TMB和肝转移有关。后续的研究需进一步探寻TMB能否作为MSI-H型CRC患者接受免疫治疗的疗效预测标志物。
457PD 激酶融合的结直肠癌：一类特殊的生物学亚型
背景
既往报道显示，部分CRC患者因基因重排产生融合基因，导致蛋白激酶激活。这类患者接受相应的靶向治疗后可获非常好的疗效，值得开展深入研究。
方法
纳入2012年8月至2018年1月常规临床实践中收集的21207例CRC患者的组织标本和672例CRC患者的外周血标本。对21879例组织和血浆标本采用经过验证的杂交捕获CGP检测，以发现基因变异(碱基置换，短片段插入/缺失，拷贝数变异和基因重排)以及TMB和MSI两类基因标签。本次研究采用的CGP检测基于杂交捕获、接头连接建库，中位测序深度为806X，分别覆盖61个、287个、324个或395个癌症相关基因以及6个、19个、36个或31个癌症常见重排基因内含子检测。
结果
1. 激酶融合（KRE）阳性与KRE阴性CRC患者的基因变异频率对比
相比于KRE阴性的CRC患者，KRE阳性者的TP53、APC、KRAS和PIK3CA突变率显著更低(P<0.01)。KRE阳性者、MSH6的突变率更高(P=0.001)，但MLH1、PMS2和MSH2等其它MMR基因突变率不高。KRE阳性的CRC患者中，RNF43、ASXL1和ARID1A基因突变率更高，与微卫星不稳定(MSI)的富集性一致(P<0.001)。在KRE阳性的CRC患者中，BRAF V600E突变者仅占5.5%；而在KRE阴性者中，BRAF V600E突变率高达73.3%，差异具有显著统计学意义(P<0.001)。
图2 KRE阳性与阴性CRC患者的基因变异频率对比
2. KRE阳性者中，MSI-H与MSS者的基因变异频率对比
在KRE阳性的CRC患者中，MSI-H和MSS型者具有不同的基因组学特征。虽然两者KRAS和PIK3CA突变率均不高，但相比于MSI-H型患者，MSS型患者TP53突变率显著更高。在KRE 阳性、MSI-H型 CRC患者中，分析RNF43、FBXW7、SOX9、MLL3、ARID1A、ASXL1、BCORL1和CDH1基因的变异形式，单核苷酸插入或缺失占到74%。
图3 KRE阳性，MSI-H与MSS型CRC患者的基因变异频率对比
3. 在KRE阳性CRC患者中，MSI-H/TMB-H型肿瘤更常见
在KRE阳性的CRC患者中，MSI-H/TMB-H型者比例显著更高(41.9% vs 4.07%；P<0.001)，而TMB-H/MSS型肿瘤与KRE阳性并不相关。
图4 在KRE阳性CRC患者中，MSI-H/TMB-H型肿瘤更常见
4. MSI-H或MSS型KRE CRC患者的TMB分布
MSI-H型者的TMB显著高于MSS型，分别为41.3mut/Mb vs 4.4mut/Mb(P<0.001)，图5中实线代表TMB中位数；虚线代表TMB平均数。
图5 MSI-H或MSS型KRE CRC患者的TMB分布
5. 不同激酶的MSI状态
整个检测的CRC队列中，MSS型和MSI-H型患者分别为17197例和820例。
表3 不同激酶患者的MSI状态
小结
KRE阳性CRC患者相比于KRE阴性者，拥有不同的基因组学谱。在多个基因中观察到KRE阳性，最常见的为RET、BRAR、NTRK1和ALK，伴新型基因融合伴侣。在KRE阳性患者中，BRAF V600E、KRAS和PIK3CA的突变率更低，提示基因重排是这类患者的驱动基因。根据MSI状态将KRE阳性的CRC患者分成两组不同的基因亚型。在RET融合和NTRK1融合的CRC患者中，MSI-H的患者比例更高，但在BRAF和ALK融合的患者中，MSI-H的患者比例更低。在MSI-H型CRC患者中检测到激酶融合，提示这类患者可能从激酶抑制剂和免疫检查点抑制剂的治疗单药或联合治疗中获益。
总结
两项研究采用FoundationOne? CGP检测mCRC标本，分别评估MSI-H型患者的TMB以及所有CRC患者的激酶融合状态，这两类基因信息可能有助于预测患者能否从免疫治疗或靶向治疗中获益，具有重要的临床转化意义。
专家点评
张俊 教授
医学博士、博士生导师
上海交大医学院附属瑞金医院肿瘤科主任
上海消化外科研究所研究员
上海市医学领军人才
上海市优秀学术带头人
中华医学会肿瘤学分会胃癌学组 副组长
中国医师协会肿瘤学分会青委副主委
中国抗癌协会肿瘤支持专委会副主委
中国临床肿瘤学会（CSCO）青委副主委
中国抗癌协会（CACA）胃癌专委会 常委
中国研究型医院协会精准医疗及MDT专委会 副主委
上海医师协会肿瘤分会 副会长
上海市医学会肿瘤靶分子专委会 侯任主委
近来，免疫检查点抑制剂治疗恶性肿瘤是肿瘤领域的热门话题。相比于肺癌和黑色素瘤，胃肠道肿瘤的进展略显逊色。究其原因，可能是由于胃肠道肿瘤多基因、多步骤、动态演进的生物学特征使我们难以找到有效的治疗靶点。上述两项研究都是采用由FMI开发的FoundationOne? CGP对大样本患者进行检测，有望从高通量检测的角度搜寻有价值的信息。
MSI-H是目前CRC免疫治疗的重要标志物之一，MSI-H型转移性CRC患者从免疫治疗中可能获益更多。然而，即使是MSI-H型者，接受免疫治疗的疗效也存在较大差异。第一项研究采用FoundationOne?对真实世界中接受免疫治疗的MSI-H型CRC进行TMB检测，发现TMB低可能是导致这类患者免疫治疗疗效较低的原因；该研究虽然样本数量较少，但在进一步充实PD-1单抗治疗疗效预测标志物的体系方面进行了有益的尝试。今年8月Journal of Gastrointestinal Oncology杂志上发表的一项研究表明，基于Foundation Medicine检测的6004例CRC大样本研究中，5702例MSS的CRC患者中有164例伴随TMB-H，这些患者中有部分患者使用帕博利珠单抗或纳武利尤单抗治疗后出现应答，这一结果也在大样本人群中得到证实——TMB作为CRC免疫治疗疗效预测生物标志物的潜在临床价值。除MSI状态和TMB之外，瘤种、人群、病情差异以及不同免疫治疗药物等因素，也应加以考虑。
第二项研究在大样本量的CRC患者进行融合基因检测，并对比融合基因阳性和阴性患者的基因特征。这一研究通过高通量检测寻找常见瘤种中可能从靶向药物治疗中获益的小众人群，其优势是样本量大，基于FoundationOne? CGP这一标准化的检测方法，结果可信度很高，但该研究也存在一定方面值得商榷：第一，在临床实践中应用CGP检测的效价比；第二，基于DNA层面的融合基因检测能否体现融合基因的真正生物学功能；第三，是否可以从转录、翻译等层面，从多维角度探寻其他潜在的疗效预测标志物；第四，检测到基因变异是否可以真正转化为临床应用。
参考文献
1. Lower tumor mutational burden (TMB) and hepatic metastases may predict for lack of response to PD-1 blockade in MSI-H metastatic colorectal cancer (MCRC). 2018 ESMO, 535P.
2. Kinase fusions in colorectal cancers: A unique biologic subset. 2018 ESMO, 457PD.
转自：结直肠癌资讯
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